Quinze anos após a conquista da liberdade, César e os demais macacos vivem em paz na floresta próxima a San Francisco. Lá eles desenvolveram uma comunidade própria, baseada no apoio mútuo, para que possam se manter. Enquanto isso, os humanos enfrentam uma das maiores epidemias de todos os tempos, causada por um vírus criado em laboratório, chamado vírus símio. Diante disto, um grupo de sobreviventes liderado por Dreyfus deseja atacar os macacos para usá-los como cobaias na busca por uma vacina. Só que Malcolm, que conhece bem como os macacos vivem por ter conquistado a confiança de César, deseja impedir que o confronto aconteça.